L’Italia è davvero pronta a sequenziare le varianti del coronavirus?

La prima ‘indagine da parte dell’Istituto superiore di sanità e l’istituzione di un consorzio per il monitoraggio dei virus circolanti ci aiuta a far luce sull’evoluzione dei virus in corso, adottando le strategie di contenimento

È un imperativo ripetuto da più parti e più volte negli ultimi tempi, istituzioni quanto esperti: serve sequenziare (di più) i campioni virali, per capire quali sono le varianti virali più in circolazione e al contempo di procedere il più spediti possibile con le vaccinazioni. E qualcosa, dopo diversi appelli appunto, in Italia sembra sul punto di cambiare, dopo l’annuncio di un consorzio per il monitoraggio dei virus circolanti e l’avvio di una prima indagine per mappare la variante VOC202012/01 da parte dell’Istituto superiore si sanità, che ha già portato i primi risultati.

Infatti, dopo i primi mesi della pandemia in cui sostanzialmente il monitoraggio dei virus mutanti circolanti non sembrava destare particolare preoccupazione, oggi sappiamo invece che quello delle varianti è un serio problema. Sono almeno tre quelle su cui si concentra l’attenzione (VOC202012/01, 501Y.V2 e P.1, cui ci si riferisce in maniera non del tutto corretta come varianti inglese, sudafricana e brasiliana) per il pericolo associato alla maggiore contagiosità e alla possibile riduzione di efficacia dei vaccini disponibili.

Varianti: monitorare per contrastare

Il problema delle varianti è diventato quanto mai caldo negli ultimi giorni, dopo l’identificazione per esempio di quella inglese e brasiliana in Umbria, che, insieme all’aumento dei casi, hanno portato all’istituzione di fasce rosse rafforzate in diversi comuni della regione. L’aumento dei casi – insieme all’aumento della trasmissibilità o virulenza in un’area – è tra i criteri di priorità individuati nell’eseguire il sequenziamento di campioni di coronavirus dall’European Centre for Disease Prevention and Control (Ecdc) per l’analisi e l’identificazione delle varianti, soprattutto in presenza di disponibilità limitate di analisi. Senza un accurato monitoraggio, ricordavano pochi giorni fa sempre dall’Ecdc, il rischio è che le varianti in questione (ma anche altre) vengano sottostimate. E così i loro effetti epidemiologici e le misure per contrastarle. Come un rafforzato contact tracing (ritenuto forse in parte superato e ingestibile di fronte al dilagare nei mesi scorsi dell’epidemia) o la sospensione della fine della quarantena al decimo giorno. O la creazione chirurgica di zone rosse, per restringere eventuali focolai di varianti, ha detto Andrea Crisanti a La7, come fatto in Umbria.

Ma ogni azione per contrastare le varianti deve partire prima di tutto dalla loro identificazione, per cui di fatto è il sequenziamento stesso quasi un’azione di prevenzione, come riconosce lo stesso ministero. “Una volta estrapolata la sequenza di un virus e stabilito se siamo di fronte a delle varianti, il passo successivo è cercare di estrapolare la prevalenza di quella variante e la sua circolazione sul territorio – commenta a Wired Massimo Ciccozzi, dell’Università Campus Bio-Medico di Roma – in questo senso il monitoraggio del flusso virale con sequenziamento ci permette di legare la genomica all’epidemiologia e così le misure da attuare, come la possibilità di rivedere le vaccinazioni nel caso in cui, ma non è ancora questo, i vaccini si mostrassero meno efficaci nei confronti di una variante”.

L’indagine dell’Iss e un consorzio

La sensazione diffusa è che anche nei confronti del sequenziamento si stia procedendo a rilento. Indirettamente è stato lo stesso ministero ad ammetterlo, presentando l’indagine rapida coordinata dall’Istituto superiore di sanità (Iss) per valutare proprio la prevalenza della variante inglese nel nostro territorio in collaborazione con regioni e province autonome. Con il dichiarato intento di “stabilire una prima mappatura del grado di diffusione della variante VOC 202012/01”. Prima mappatura dunque, lascia intendere che finora non fosse chiaro quanto fosse diffusa la variante inglese. Di certo, è la più diffusa a livello mondiale delle tre oggi che preoccupano la comunità scientifica, la cui presenza è stata confermata quasi ovunque, a eccezione di buona parte del continente africano, almeno secondo gli ultimi dati in materia raccolti dall’Oms.

La raccolta dei dati dell’indagine dell’Iss si è conclusa solo pochi giorni fa e i risultati, appena resi noti, confermano che anche nel nostro paese la variante VOC 202012/01 è piuttosto diffusa: la stima di prevalenza è del 17,8% (estrapolata da poco più di 800 campioni e un’ottantina di laboratori). Ma raccolte simili, promettono dall’Iss, saranno ripetute anche nei giorni a venire, per seguire l’evoluzione del caso.

“Siamo stati completamente in ritardo sia rispetto alla pandemia, sia rispetto all’identificazione del problema delle varianti – ci ha raccontato Ciccozzi – all’inizio c’è stato anche chi sosteneva che il virus non mutasse. E ancora oggi tutto avviene perché ci sono alcuni laboratori che sequenziano il virus sotto la propria volontà a partire da isolati virali, per condurre degli studi, magari su pazienti particolari”. Qualcosa magari sul modello del consorzio inglese Covid-19 Genomics Uk consortium, auspica Ciccozzi e a cui potrebbe rifarsi il neonato Consorzio italiano per la genotipizzazione e fenotipizzazione di Sars-Cov-2 e per il monitoraggio della risposta immunitaria alla vaccinazione, di cui si è parlato nelle scorse settimane. Una rete in sostanza di laboratori sparsi su tutto il territorio per monitoraggio l’evoluzione genetica del coronavirus (e delle risposte immunologiche al vaccino), coordinata dall’Istituto superiore di sanità. “Un progetto ancora in divenire, è affatto semplice da allestire, in primis per lo stanziamento dei fondi da erogare ai laboratori per i sequenziamenti”.

Sequenziare e condividere i dati

Che servano risorse è fuori dubbio, ma una volta a regime, il consorzio potrebbe permettere di sequenziare decine di migliaia di virus all’anno, scommette Giovanni Maga, direttore dell’Istituto di genetica molecolare Luigi Luca Cavalli Sforza del Cnr: “Le strutture e le macchine per effettuare i sequenziamenti, tanto presso presidi ospedalieri che istituti di ricerca, ci sono già, ed è possibile stimare che si possa raggiungere il sequenziamento di migliaia di virus al mese una volta che il progetto verrà concretizzato”. Finora, secondo Maga, più che procedere a rilento si è proceduti con un regime minimo di sorveglianza virologica, con numeri limitati di sequenziamenti, anche in virtù di uno sforzo, tecnico e di risorse umane, focalizzato sull’analisi dei tamponi e sull’allestimento poi della campagna vaccinale. La diffusione delle varianti nelle scorse settimane aveva suggerito di innalzare la sorveglianza virologica e aumentare il potenziale fino a sequenziare circa 500 campioni a settimana, ricorda anche Maga: “Che il virus mutasse era noto: ora abbiamo la consapevolezza di quanto sia importante tenere d’occhio la sua evoluzione, non solo per le tre varianti di cui parliamo ma anche altre che potrebbero emergere”, continua il ricercatore: “Il sequenziamento sostenuto consentirà di capire così se e come le nuove varianti si stanno espandendo, eventualmente soppiantandone altre, come avvenuto nel Regno Unito”.

Che sia quanto mai fondamentale far luce sulla diffusione e sull’emergere delle nuove varianti lo ha ricordato anche l’Oms, sottolineando l’importanza di condividere quanto osservato a livello globale, per esempio attraverso database quali Gisaid, che mappa anche l’occorrenza delle varianti in giro per il mondo.