Da Wired.it :
La variante omicron del coronavirus aggira meglio gli ostacoli, rispetto a delta, e riesce a sfuggire a una parte della risposta immunitaria. Un team del Mit (Massachusetts Institute of Technology) ha fornito una mappa completa dei suoi cambiamenti attraverso un modello computazionale. I ricercatori spiegano che non è sufficiente indicare quante e quali mutazioni sono presenti nelle sequenze virali, ma anche in che modo queste alterazioni modificano, a livello tridimensionale, l’interazione fra la superficie del virus e gli anticorpi che questo incontra nel suo percorso.
Gli anticorpi possono essere prodotti dal sistema immunitario grazie alla vaccinazione e da una precedente infezione. I risultati sono già peer reviewed e accettati, in via di pubblicazione su Cell Reports Medicine. L’obiettivo del lavoro è fornire un modello che sia utile anche in futuro – c’è già la sottovariante omicron 2 da analizzare meglio – anche per capire quali parti del virus e delle diverse varianti potrebbero essere coperte maggiormente dai vaccini.
Andare a fondo
La variante omicron è caratterizzata da decine di mutazioni e questo fa sì che risponda meno bene all’attacco degli anticorpi indotti dalla vaccinazione, o anche da una precedente infezione, e dalla terapia con anticorpi monoclonali. Le mutazioni riguardano proteina spike, la parte del coronavirus che colpisce le nostre cellule e che è il bersaglio dei vaccini e di molte terapie (come i monoclonali).
Per avere un quadro complessivo, secondo gli autori, bisogna comprendere in che modo la mutazione in un amminoacido (l’unità strutturale della proteina) influisce sugli amminoacidi vicini, sulla base di quanto e come questi sono connessi fra loro. La semplice lettura delle mutazioni non fornisce quest’informazione, ottenuta oggi con un approccio computazionale già consolidato e utilizzato in passato per studiare la proteina emoagglutinina presente sulla superficie dei virus influenzali.
Una variante più evasiva
Gli autori si sono concentrati sulla parte della proteina spike (il cosiddetto dominio Rbd) che è esposta e colpita dagli anticorpi. Ci sono 4 classi di anticorpi che collaborano per contrastare il virus: le classi 1 e 2, che agiscono sul pezzetto della proteina responsabile del contatto e dell’ingresso nelle nostre cellule, e le classi 3 e 4 che si legano ad altri piccoli punti.